根据《关于开展大中型沼气工程建设质量和运行情况检查的通知》（农科（能源）函〔2012〕第118号）文件要求，2012年5月24日-5月28日，农业部第五检查小组莅临我区深入了解大中型沼气工程建设质量、运行情况。检查组领导由东北农业大学教授刘庆玉、农业部财务中心副处长石亚军、安徽省农村能源工作总站副站长李泉临和中国招标公司副处长褚敏组成。自治区农业厅农村环境保护与能源发展处处长努尔穆罕默德?祖农、农村能源工作站三相分离器书记吾布里?阿布都拉和副站长张富年全程陪同。
检查组采取随机抽查方式，抽查了我区吐鲁番市佳民养殖有限公司万头养猪场粪便沼气综合处理项目、博湖县博宁畜牧发展有限公司沼气发电示范工程建设项目、玛纳斯绿宝生物科技有限公司大中型沼气工程建设项目水力筛网和昌吉国家农业科技园区佳弘奶牛养殖场大中型沼气工程项目，对项目完成、工程运行、集中供气、沼渣沼液利用和农户反映情况进行检查。
检查组对抽查结果较为满意，其中对我区大中型沼气项目管理规范，建设质量良好，实现了给农户供气或发电，发挥项目建设效益等方面给予肯定。同时，也提出希望进一步加强企业自筹资金能力，完善项目建设内容，规范财务账目。